Además de servir de instancia de apelación respecto de las decisiones de la Comisión Nacional de Acreditación, la normativa vigente otorga al Consejo Nacional de Educación otras funciones relativas a instituciones de educación superior autónomas:
- Informar, a petición del Ministerio de Educación, sobre la revocación del reconocimiento oficial de instituciones autónomas de educación superior, sus sedes o carreras, de acuerdo con lo establecido en los artículos 64, 74 y 81 del DFL N° 2 de 2009, de Educación (que fija el texto de la Ley N° 20.370).
- Apoyar al Ministerio de Educación en la administración de los procesos de cierre de las IES autónomas, especialmente en lo que dice relación con los procesos de titulación de los estudiantes que se encuentran en esa etapa de sus estudios.
- Aprobar la medida de nombramiento de Administrador de Cierre, de acuerdo con las disposiciones de la Ley N° 20.800.
